基于校准样本的标识的自动化工作流。提出了一种用于校准显微镜系统的方法和对应的校准系统。该方法包括记录显微镜系统的样本台的概览图像和在所记录的概览图像中标识校准样本。此外，该方法包括借助于分类系统将所记录的概览图像中的校准样本分类为多个校准样本类别中的一个，该分类系统使用训练数据被训练，以便形成模型，使得该分类系统被适配用于将未知的输入数据分类为预测类别。此外，该方法包括基于经分类的校准样本类别来选择用于校准显微镜系统的校准工作流，其中借助于工作流指示值来执行该选择，该工作流指示值用作用于工作流选择系统的输入值。此外，该方法可以包括校准显微镜系统的部件。