本发明涉及一种基于大数据的档案数据存储系统，包括档案数据存储控制装置和档案数据存储中心，档案数据存储控制装置包括身份验证模块、档案录入模块、档案分类模块、档案加密模块、档案存储模块、档案提取模块、档案解密模块、档案比较模块和档案输出模块，身份验证通过之后，对档案数据进行分类、加密并存储在对应的存储模块中，当进行档案提取时，根据待提取的档案数据集名称从对应的存储模块中得到加密档案数据集并进行加密，经过档案比较判断之后，若满足条件，则输出。该档案数据存储系统能够提升档案数据存储的安全性，并能够保证提取得到的档案数据集没有被破坏或者被篡改。