本发明涉及土壤的治理技术领域，具体是一种多功能酸性土壤微生物改良剂的制备方法。本发明将稻壳纤维，沼液，蔗糖，水混合发酵，接着加入硝酸铁溶液，接着加入氢氧化钠溶液调节pH至7.8～8.1，搅拌混合，过滤，干燥，逐级升温炭化，接着用高温高压水蒸汽处理，干燥，球磨，得预处理稻壳纤维，将预处理稻壳纤维与盐酸混合超声，静置，过滤，得2号滤饼，接着将2号滤饼与氢氧化钠溶液混合，静置，过滤，洗涤，干燥，得改性稻壳纤维，将酶化壳聚糖液，混合菌液，改性稻壳纤维，生物碱，磷脂和聚烯丙胺搅拌混合，即得多功能酸性土壤微生物改良剂。本发明提供的多功能酸性土壤微生物改良剂能够有效改善酸性土壤。