本发明公开一种防雷阀门定位器的回差消除方法和防雷阀门定位器，将流经浪涌保护器的阀门开度电流信号传输至阀门执行器，以使阀门执行器操作阀门；获取与阀门开度电流信号对应的预设回差补偿量；将阀门阀位反馈信号与阀门开度电流信号进行比较，根据比较结果生成阀门开度调整信号以对所述阀门进行阀位调整；确定阀位调整过程中的所述阀门的当前行程方向；判断阀位调整过程中的当前行程方向与初始行程方向是否一致，若不一致时则确定阀门定位器在阀位调整过程产生了回差；并通预设回差补偿量来消除所述回差。本发明能够消除现有技术中阀门定位器在工作过程中由于正反行程转化过程的瞬间的阀位滞后带来的回差，提高了阀门定位器的控制精度。