本发明公开了一种纳米‑细菌杂合体系的制备方法，特点是包括将带有氨基基团的荧光纳米材料溶液和多糖配体溶液混合振荡反应后，加入硼氢化钠溶液，于室温下振荡反应过夜得到多糖配体偶联荧光纳米材料复合物溶液的步骤；将多糖配体偶联荧光纳米材料复合物溶液和光热剂溶液混合后振荡反应得到荧光纳米探针溶液的步骤；最后将荧光纳米探针溶液和工程菌悬液混合后置于摇床中培养一段时间后，得到纯化的纳米‑细菌杂合体系的步骤；优点是兼具肿瘤靶向及光诱导程序性肿瘤治疗功能，有效结合了纳米材料和细菌治疗肿瘤的优势，且不会对细菌本身活性产生影响，肿瘤治疗效率高。