本发明提供无菌填充装置及其净化方法，无菌填充装置的净化方法可以在提高无菌填充装置的洗涤/杀菌效果的同时，缩短饮料填充作业中的停机时间。该方法包括：沿着基于轮组中各轮的旋转的预成型坯或容器的传输路，自其上游侧至下游侧依次设置各种部位，并利用腔室包覆各种部位，由此构成无菌填充装置，在使内容物填充部内的轮的旋转停止之后对内容物填充部进行CIP，在CIP刚刚结束之后，在使内容物填充部内的轮旋转的同时对内容物填充部进行COP或SOP，在COP或SOP刚刚结束之后，在使内容物填充部内的轮的旋转停止之后对内容物填充部进行SIP，从CIP开始到SIP终止为止的期间，在使其它部位内的轮旋转的同时，对其它部位以给定顺序进行COP及SOP中的一者或两者。