本发明公开了一种基于协作中继的鲁棒认知通信系统功率分配方法，包括通信模型建立步骤，用于利用认知用户充当授权用户的中继节点建立协作中继通信模型，并基于所述协作中继通信模型建立以通信系统误码率最小化为目标函数的具有约束条件的优化模型；功率分配步骤，当信道状态信息已知的时情况，利用拉格朗日对偶算法、KKT条件获得认知用户最优发射功率，并计算得到认知通信系统的传输容量；当授权用户发射端的发射功率一定时，通过调整所述中继节点的发射功率满足通信系统的误码率的要求。本通信系统功率分配方法有效改善了该模型中整体通信性能及授权用户通信误码率，并且引入时变干扰阈值保护因子，确保整个通信系统具有较好的鲁棒性。