本申请涉及一种基于硅基刻蚀的超导光学探测器与光纤对准方法及装置。对第一基底进行刻蚀，制备光纤位置通孔，并在第一基底的表面制备多个间隔设置的第一标记。多个第一标记与光纤位置通孔之间形成相对位置关系。在第二基底的表面制备单光子吸收膜时，以第二基底作为超导单光子探测器的衬底，采用制备超导单光子探测器的制备工艺进行制备。此时，多个第二标记与单光子吸收膜之间形成相对位置关系，并和多个第一标记与光纤位置通孔的相对位置关系相同。进而，通过将多个第一标记与多个第二标记一一对应，即可实现将光纤位置通孔与单光子吸收膜的对准。从而，将光纤直接放置于光纤位置通孔中，即可实现与单光子吸收膜对准。