本发明提出一种梯级水库群联合调度智匹配分层耦合方法与系统，通过设置必要计算参数，将电站不同时刻出库流量作为决策变量进行串联编码；在搜索空间中进行种群初始化；通过惩罚函数法计算种群所有个体适应度值；更新种群全局最优位置和个体历史最优位置；使用反正余弦算法更新种群中个体位置；对当前种群中个体位置进行边界检查；通过迭代计算直至达到种群最大迭代次数；将当前种群全局最优位置作为梯级电站最优调度过程。如此，利用本发明方法求解梯级水库联合调度问题，原理简单、鲁棒性强、搜索效率高、收敛速度快，能够有效避免陷入局部最优，最终达到提升整个梯级电站发电效益的目的，为梯级水库发电调度提供了科学依据。