本发明公开了一种监控进出港口船舶并发现危险船舶的方法及系统，方法包括通过雷达主动探测警戒区域A内的目标船舶；根据运动参数控制云台摄像头转动持续跟踪抓拍区域B内目标船舶采集图像数据；通过图像识别技术识别图像数据中目标船舶的船名；根据船名、雷达检测目标船舶的时间和运动参数为基准，以AIS、渔船北斗定位系统和固定式定位仪系统的数据为参考，并结合船舶基础数据库系统的数据判定目标船舶是否为危险目标船舶；系统包括至少一个监控站点、至少一个数据处理中心和至少一个值班站点；根据经纬度与进港区域C和出港区域D的相对关系结合航向综合判断目标船舶为出港或进港。在检测进出港目标船舶的同时能够及时发现危险目标船舶并报警。