本发明涉及建筑施工技术领域，具体涉及一种小断面交通洞进瘦高异型空间结构引水闸室施工方法，其步骤如下：步骤1，施工过渡段：主干挑顶施工过渡段，对过渡段的拱顶及边墙进行初期支护；步骤2，施工闸室：过渡段挑顶施工闸室，对闸室拱顶及边墙进行初期支护，闸室上部采用台阶法施工，闸室中部采用分层分块法施工；步骤3，开挖支干：平挑开挖支干，使支干贯通闸室下部。施工过程将整个闸室分割为上、中、下三个区域分别挖掘，闸室上部采用台阶法施工，闸室中部采用分层分块法挖掘，最后施工支干使支干与闸室下部贯通，挖掘过程对周围的隧洞结构稳定影响较小，避免了瘦高异型复杂空间结构施工坍塌的风险，提高了施工过程中的安全性。