本发明提供了一种配电商参与的主动配电网多层分区调控方法及系统，配电商调控单元生成运行方案，所述运行方案实现收益最大化；调控中心接收所述运行方案并进行校核，若校核未通过则退回所述运行方案，若校核通过，则所述调控中心根据预设条件对校核通过的所述运行方案进行综合优化；本发明中配电商调控单元以收益最大化为目标主动生成运行方案提交给调控中心，调控中心对运行方案进行校核及综合优化，实现以配电商为基础的运行方案确定，能够在保证配电商的收益时兼顾其他综合条件，即能够在配电商合理盈利的情况下，同时促进配电网运行的安全性、优化度及清洁性的综合提升。