本发明公开了一种柔性燃料电池，包括：膜电极组件，包括质子交换膜和设于质子交换膜两侧的保护框层，所述保护框层上开设有多块用于填充扩散层的填充避让区，每个填充避让区对应于一个单电池；导电层，设于所述膜电极组件两侧、用于将各单电池串联；绝缘薄膜，设于膜电极组件两侧、用于分别覆盖两侧扩散层和导电层；各组件之间互相粘接，其中，绝缘薄膜与其余组件之间留有用于在通入气体后撑开绝缘薄膜以形成气体流道的非粘接区。本发明柔性燃料电池结构简单，脱离了现有燃料电池堆叠结构的限制，各组件相互配合装配，省去了复杂的装配工序，能较简单的由全自动产线完成生产，且柔性结构形状多样，材料质量轻，成型难度低。