本发明公开了一种柔性燃料电池系统组装线，涉及燃料电池系统组装线技术领域；为了提升组装灵活性；包括组装区、配料区、分装区、物料输送区、翻转设备暂存区、AGV充电区和下线暂存区，所述组装区包括工位一、工位二、工位三、工位四、工位五和工位六，所述工位一、工位二、工位三、工位四、工位五和工位六均包括物料架、EMS系统工作台和手动翻转设备；所述工位一、工位四、工位五、工位六还包括吊装设备；配料区内包括多个物料超市，物料超市由多个第一货架线性拼接而成。本发明产线设计制造纯手工打造，成本低；产线增加AGV配送，增加了科技感，同时物流效率提高；线体设备没有太多的固定，改造方便，改造成本低。