本发明属于固体废弃物处理技术领域，公开了一种禽畜粪便中大环内酯类及氟喹诺酮类抗生素无害化处理方法，其采用微生物发酵和黑水虻养殖实现了禽畜粪便的资源化处理，通过微生物和黑水虻的生物分解和生物转化的作用，实现了残余抗生素的高效降解，整个过程无需添加任何化学物质，且无需温度等各种反应条件的加持，节约了禽畜粪便处理的成本，较少了处理的能耗，同时处理后的禽畜粪便抗生素含量大大降低，最后，整个禽畜粪便的处理过程中不产生废弃物，并且经过黑水虻养殖后，实现了黑水虻的生长，养殖结束的黑水虻还具备一定的经济价值，能够产生良好的经济效益，因此该方法具备良好的推广应用价值。