本发明属于生物荧光检测材料技术领域，具体涉及一种溶酶体靶向的红外二窗发射荧光染料及其制备方法和应用。本发明将苯胺衍生物和五元杂环共轭衍生物连接到氮杂氟硼烷母体结构上，实现了材料红外二窗的发射。该目标荧光染料不仅具有良好的光稳定性、热稳定性、化学稳定性，还表现出优异的光热性能、光声成像、肿瘤光热治疗的性质，同时，本发明提供的溶酶体靶向的红外二窗发射荧光染料的制备方法，其设计、合成具有理论基础的支持，且制备方法简单、合成条件温和、原料丰富、目标产物收率高，这为设计、合成高效的诊疗试剂具有重要的指导意义。