本发明公开了一种克服中厚板加热炉温偏差的中间冷却控制方法，基于轧线生产历史数据以及当前生产过程数据，建立钢板温度观测器，同时增设与钢板温度观测器建立通信的炉间差控制模块、数据库，炉间差控制模块与加热炉L2计算机、轧机L2计算机以及中间冷却装置之间建立通信，并应用钢板温度观测器的钢板温度间接测量结果，计算出轧线上对应的轧机L2计算机系统的模型所计算的钢板温度与轧线上指定参考的加热炉加热同规格钢板的温度差异，从而改进轧线上的中间冷却装置的设定算法，增加识别出的温度差异带来钢板附加摆动次数。本发明正确识别出同规格钢板块与块之间的温度差异，改进中间冷却装置设定控制，从而提高中间冷却装置自动设定准确性。