本发明公开了一种水产苗种培育系统，涉及苗种培育技术领域。本发明包括水池以及安装在水池相对两侧面的壳体一和壳体二，水池的内侧均布有若干卡槽，每一卡槽内配合安装有一个隔板，将水池的内部分割成若干个分隔腔，每一分隔腔的底面均设有与集水管连通的排水管，分隔腔的底面还安装有滤板；壳体一的内部设有一托板一，托板一的下侧安装有与集水管连通的过滤器，托板一的上侧安装有与过滤器连通的水泵；壳体二的内部安装有一托板二，托板二与壳体二的下侧内壁构成储水箱。本发明通过设有的卡槽以及配合安装在卡槽内部的隔板，将水池的内部分割成若干分隔腔，便于对不同大小的水产苗种分开养殖和清理。