本发明涉及一种基因重组质粒、基因重组毕赤酵母及秸秆纤维脱胶应用，属于可再生资源利用技术领域。所述基因重组质粒包括从上游至下游依次连接的组成型启动子、核糖体结合位点、第一信号肽基因修饰的果胶降解酶基因、终止子、第一酸敏感型启动子、核糖体结合位点、第二信号肽基因修饰的小漆酶基因、终止子、第一酸敏感型启动子、核糖体结合位点、过氧化物酶基因、终止子、第二酸敏感型启动子、碱性基因和终止子。本发明利用重组毕赤酵母降解秸秆中的果胶和纤维素，该技术提高秸秆的综合利用率，并生产高品质、零污染的纺织用秸秆纤维及衍生化工产品，能够在降低废弃秸秆处理成本和劳动力的同时，额外增产高附加值的工业产品。