本发明涉及一种预测海域天然气水合物有利聚集区的方法，包括如下步骤：步骤1：确定表征影响天然气水合物聚集影响因素的多个地质参数，并计算各个地质参数；步骤2：选定若干个地质参数作为系统特征，剩余的地质参数作为系统因素，并得到系统特征序列和系统因素序列；步骤3：根据系统特征序列和系统因素序列得到主控因素；步骤4：将主控因素条件优越的区域作为水合物有利聚集区。本发明能够定量地确定出主控因素，进而全面准确地预测出水合物有利聚集区，能够有效指导水合物区域勘探及钻探。