一种防砂完井智能脉动分层注水系统及方法，包括计算机，输入注水压力、吸水量和配注量的目标数据；控制器，根据目标数据设定脉动频率、振幅和水嘴开度的参数值，根据压力、流量和水嘴开度的实时数据调整参数值；脉动注水装置，根据当前参数值控制电磁阀开闭和水嘴开度，监测井内压力、流量的实时数据。本发明的一种防砂完井智能脉动分层注水系统及方法，基于大段防砂完井的条件，通过针对某一层选择性脉动注水或恒压注水，以及调节各层的水嘴大小及脉动频率，来实现智能化的高幅、低频脉动分层注水。工艺简单适应性好，实现脉动注水工艺的智能化，有效提高防砂段内非均质性油藏的波及效率，针对性消除地层堵塞，增强注水驱油效果，提高采收率。