本发明提供一种多期医学图像的处理方法、系统、计算机存储介质及设备，所述多期医学图像的处理方法包括：在待诊断器官于多期医学图像的各期医学图像中，确定待诊断器官沿垂直方向上的分布位置信息；利用各期医学图像中待诊断器官的分布位置信息，对各期医学图像中待诊断器官进行放大，形成待诊断器官放大的各期医学图像；将待诊断器官放大的各期医学图像中待诊断器官于垂直方向和水平方向上对齐，以获配准后的各期医学图像；将配准后的各期医学图像还原成各期医学图像的原始图像。本发明对医学图像的分辨率等要求较低，具有较强的鲁棒性和适应性，可以将多期或多模态的医学图像进行配准对齐，使图像中的解剖点相匹配，提升后续诊断过程的准确性。