本发明公开了一种混合储能系统、混合储能系统能量分配方法及分配装置，该方法通过获取混合储能系统的目标输出功率；根据预设采样频率确定单体电容在预设采样周期内的电容荷电状态值，形成多条电容荷电状态值变化路径；根据单体储能电池的寿命衰减量化模型和目标输出功率分别计算每条电容荷电状态值变化路径所对应的储能电池累计容量损耗值；按照储能电池累计容量损耗值从小到大的排序结果，确定储能电池累计容量损耗值的最小值所对应的目标电容荷电状态值变化路径；根据目标电容荷电状态值变化路径对应的输出功率分配结果确定混合储能系统能量分配方案。通过实施本发明，延长了储能电池的使用寿命，降低了系统维护成本。