本公开提供了一种脑切片模具的制作方法、装置、电子设备和存储介质，涉及生命科学用装置领域。方法包括：接收通过光学扫描技术确定的颅骨的完整形态数据，并确定颅骨的解剖标志；通过颅骨的解剖标志，将完整形态数据与预设的三维坐标空间的坐标系对齐，以得到对齐坐标系的第一形态数据；接收通过光学扫描技术确定的第二形态数据，将第二形态数据导入三维坐标空间且与所述第一形态数据对齐，以得到导入的第三形态数据；根据第三形态数据生成脑切片模具；根据预设的切片位置在脑切片模具上形成切刀槽；对形成切刀槽的脑切片模具进行3D打印。通过本公开方案，脑切片模具的凹槽更贴合脑组织，使切片方向与标准脑图谱切片方向一致，提高了切片质量。