本发明公开了一种基于频谱分析的编码器误差源分析方法，包括以下步骤：数据采集分析：通过编码器误差测量装置获取被测编码器的数据，并且将数据输入到计算机中进行分析；计算机绘图：计算机针对数据制作误差曲线图和误差频谱图，并且定义误差谱段；分析最大误差源：根据误差频谱图获取编码器在各个周期频率内的误差幅值，判断编码器最大误差因素。本发明所述的一种基于频谱分析的编码器误差源分析方法，可以得到编程器各种误差的来源情况，便于人们分析产生原因，可以得到编码器误差贡献大小情况，定量指出编码器下步调试方向，快速解决问题，极大的提高了工作效率、工作质量，同时编码器所反映的误差，分析全面，带来更好的使用前景。