本发明涉及高分子材料技术领域，具体涉及一种疏水性聚酯多元醇及基于其制备的聚氨酯弹性体。本发明提供一种疏水性聚酯多元醇，其是由长链二元酸与二元醇聚合而成，分子量2000‑6000g/mol，优选3500‑5500g/mol；其中，所述二元醇为侧基二元醇，或者侧基二元醇与直链二元醇的组合；所述长链二元酸与二元醇的摩尔比例为1：(1.05‑1.25)。并提供了基于所述疏水性聚酯多元醇制备的聚氨酯弹性体，其包含如下组分：疏水性聚酯多元醇70‑80％，扩链剂5‑8％，二苯基甲烷二异氰酸酯15‑25％。本发明通过制备出不同于二聚酸体系的多元醇单体，进而基于其合成热塑性聚氨酯弹性体，可以具有透明、低硬度、疏水性、防污耐水解、力学性能优异等性能，并且成型快，可进行挤出注塑加工，满足电子电器、智能穿戴材料等的应用需求。