本发明提出一种磁振造影的自动分析系统及其运行方法，其包含以下步骤。从核磁造影机取得受测者的脑部的多个影像；从多个影影像得出对比增强的T1加权影像与T2加权影像，并对多个影像进行预处理；计算T2加权影像对于对比增强的T1加权影像的比率以产生对比度强化影像；对于对比度强化影像的感兴趣区域进行非监督分群以分出囊肿部分与非囊肿部分，据以计算相关的多个特征参数；在感兴趣区域对应的脑部的肿瘤进行放射手术后，分析肿瘤的体积变化；将多个特征参数与肿瘤的体积变化进行线性回归分析，以作为预后评估的依据。通过本发明的技术方案，可靠地建立回归模型对肿瘤治疗预后的评估。