本发明公开一种智能电表运行误差诊断分析方法及系统，其中，智能电表运行误差诊断分析系统包括数据采集单元、数据处理单元、智能电表运行误差诊断用数据库、智能电表运行管理数据库和数据存储单元，数据采集单元与数据存储单元通信连接，数据存储单元与数据处理单元通信连接，数据处理单元分别与智能电表运行误差诊断用数据库和智能电表运行管理数据库通信连接。本发明通过将智能电表生命周期划分为不同的时期并在不同时期内采用不用的数据采集策略，在降低供电管理系统的运行负担，同时可以及时或较早地发现智能电表的运行故障。