本发明公开一种低压台区计量装置运行误差诊断分析方法及系统，其中，方法包括如下步骤：S1)随箱计量装置运行误差诊断分析设备对配电箱内电表进行运行误差诊断并将诊断结果和诊断用数据发送至控制中心；S2)控制中心将地理位置上相邻近的随箱计量装置运行误差诊断分析设备的诊断结果进行比对，将异常的诊断结果诊断用数据与正常的诊断结果诊断用数据进行比对，确认异常的结果是否非误判，若非误判，向维修人员客户端发送检测维修任务。本发利用对电能表内部计量装置运行误差的诊断分析，排除电能表自身问题带来的电能表运行误差，以便能够及时处理存在问题的电能表，同时利用对电能表内计量装置的运行误差判断来对用户是否存在窃电行为进行判断。