本发明公开了一种城市轨道交通应急客流协同疏运方法，包括如下内容：一、线路关系识别阶段：根据城市轨道与城际铁路线路位置关系判定城际干线铁路与城轨线路的协同运输模式；二、疏运需求判定阶段：分析城市轨道交通及应急客流特征；三、开行方案协同优化阶段：构建以供需关系协调度最高和加开城际短交路列车成本最低为目标的应急客流协同疏运模型并求解。与现有技术相比，本发明的积极效果是：针对其存在的区段客流分布不均衡现象，挖掘城际铁路运能，参与疏运城市轨道交通应急客流的同时有效解决了运能浪费的情况；同时充分考虑应急疏运成本，具有较强经济性；本发明能为疏运工作决策提供更多信息和选择，充分发挥了区域多式轨道交通之间的互补优势。