本申请公开了一种天然抗菌纱线的制备方法、天然抗菌纱线及面料，包括以下步骤：对天然植物还原系类抗菌染料进行预还原处理，得到天然植物染料隐色体高浓母液；用常温水对染料隐色体高浓母液进行稀释，在稀释过程中加入碱剂和还原剂，得到染色工作液；用染色工作液对纱线进行染色，对染色后的纱线进行氧化、皂洗、水洗、烘干处理，得到天然抗菌纱线。本申请公开的方法简单高效，制备的纱线具备天然抗菌性能，可以满足消费者对纺织品抗菌抑菌的需求，且天然植物还原系类染料属于环保可再生原料，环境污染小，符合环保需求。