本发明公开了一种阻燃抗菌纱线及其制备方法和应用，该方法包括：在经纱的上浆工艺中，采用不同的上浆区分别对经纱的不同位置进行涂覆阻燃浆料、抗菌浆料，涂覆阻燃浆料的区域与涂覆抗菌浆料的区域不重叠且均不同于经纱的用于后续进行织造工艺的交织点区域，形成阻燃抗菌纱线；其中，在每个上浆区进行上浆后均进行干燥处理，而后进入下一个上浆区进行下一次上浆，该方法不仅可以实现上浆和功能性赋予的同时操作，而且能够省略掉常规上浆工艺所采用的上浆浆液，制成的阻燃抗菌纱线不仅能够获得理想的抗菌、阻燃效果，而且还极大地节约了功能性助剂溶液的使用量，适于在阻燃抗菌面料中规模性应用。