本发明提供了基于断层图像的虚拟解剖对象观察方法和系统，解决断层图像的虚拟解剖对象的立体视觉表达存在缺陷的技术问题。方法包括：在对象场景内建立覆盖视场角的透明图层，透明图层的轴线与呈现虚拟现实空间的设备的焦平面相交或垂直，在透明图层上布设参照点阵；交互控制对象场景内的对象与透明图层形成相交过程；在相交过程中根据主要对象形成参照点阵局部消隐根据参照点阵形成次要对象局部消隐，包括主要对象形成的相交面轮廓内将参照点阵的参照点设置为透明消隐；次要对象形成的相交面轮廓内将穿过部分设置为透明消隐。突出解剖对象的立体视觉感受，使得对解剖对象的灰度贴图进行持续观察时形成的二维化感受和三维错位感受得以削弱。