本发明涉及新能源技术领域，具体涉及一种燃料电池系统、控制方法、燃料电池单元、电堆以及车辆，所述系统包括电堆和气液分离装置，所述电堆包括氢出口岐管，所述气液分离装置与氢出口歧管连通；所述电堆上还开设有辅助通道和尾端通道，所述氢出口歧管通过尾端通道与辅助通道连通；所述系统还包括辅助泵，所述气液分离装置通过辅助泵与辅助通道连通；本发明通过辅助泵将气液分离装置分离的气体通过辅助通道送入，再通过尾端通道重新流入氢出口歧管；进而能够提高燃料电池电堆阳极出口岐管内的气流流速，从而增强燃料电池电堆阳极出口岐管排水能力；通过控制辅助泵转速，使得系统的流量和电堆出口混合气流中液态水含量可调。