本发明公开了酶促棕榈毛油高值化转化工艺，其是以棕榈毛油为原料，利用脂肪酶两步催化工艺，制备维生素E酯和棕榈油短链酯。先利用脂肪酶催化棕榈毛油与短链醇发生酯交换反应，然后通过蒸馏除去过量的短链醇，含有维生素E的油相进一步利用固定化脂肪酶催化维生素E与体系中的棕榈油短链酯发生酯交换反应，或与由棕榈油水解得到的棕榈酸发生酯化反应将维生素E转化成维生素E酯。在酯化反应过程中引入在线脱水，使得维生素E到维生素E酯的转化率不低于95％。进一步通过减压蒸馏即可制备得到包括维生素E酯、棕榈油短链酯在内的多种产品，实现棕榈油的高附加值转化。本方法酶催化反应条件温和，整个制备过程环境友好，该工艺应用前景广阔。