本发明公开了一种生物样本运输装置、智能管理系统和方法，通过第一读取模块读取存储或者处理装置标识，第二读取模块受控在第一读取模块读取到存储或处理装置标识后读取生物样本标识，在生物样本标识减少时，说明将减少的生物样本存入存储或者处理装置，建立减少的生物样本标识和存储或处理装置标识的关联关系，在生物样本标识增加时，说明将增加的生物样本从存储或者处理装置取出至运输装置，建立增加的生物样本标识和存储或处理装置标识的关联关系，记录生物样本的全部存储处理流程。因而，本发明仅通过运输装置即可实现记录生物样本的存取处理过程，无需对每个存储和处理装置进行硬件读取设备的改造升级，存取效率高，不容易出错并且能够大大降低成本。