本实用新型提供了一种微生物样本智能处理系统，属于微生物学装置技术领域。它解决了现有的微生物样本处理系统占用空间大、成本高的问题。它包括样本处理组件、划线组件、培养基处理组件和培养基保存组件，样本处理组件包括样本传递模组、加注装置以及沿同一直线依次设置的扫描装置、重量检测装置、加注位、震荡装置和待检位，样本传递模组在扫描装置、重量检测装置、加注位、震荡装置和待检位间移动样本盒；培养基处理组件包括具有装载槽的培养基装载转盘、推送装置、开盖装置和具有工位槽的培养基划线转盘，培养基装载转盘位于样本处理组件的前方，培养基划线转盘位于培养基装载转盘的侧方。本实用新型具有占用空间小、成本低且效率高等优点。