本发明提供一种基于自对准工艺的微纳米结构定点缺陷掺杂的方法，包括：S1，在晶体衬底表面依次形成牺牲层、光刻胶层；S2，根据微纳米图形在光刻胶层光刻出掩模孔；S3，通过掩模孔对牺牲层各向同性刻蚀，将掩模孔图形放大至牺牲层；S4，对掩模孔下方裸露的晶体表面进行离子注入掺杂；S5，去除光刻胶层，沉积掩模材料；S6，去除牺牲层，牺牲层中微纳米放大图形转移为掩模材料图形；S7，对裸露晶体表面进行刻蚀，去除表面掩模材料并退火形成特定缺陷。本发明提供的方法基于自对准工艺，不需要对准的操作，精度高过程简单，不存在对准的误差。