本发明实施例提供一种双操作系统中指纹删除的方法和装置，在第一操作系统启动过程中，读取状态信息，该状态信息用于指示目标操作系统对应的指纹数据在恢复出厂设置过程中未被删除，当第一操作系统与状态信息中的目标操作系统相同时，删除第一操作系统对应的指纹数据以及该状态信息。目标操作系统在恢复出厂设置之前通过生成该状态信息，且该状态信息不会在恢复出厂设置过程中被删除，当该目标操作系统作为前台操作系统启动时，能够根据该状态信息删除该目标操作系统在恢复出厂设置过程中未删除的指纹数据，在操作系统启动过程中删除该指纹数据，不会被用户感知到，不影响用户对操作系统的使用。