本发明提供了一种燃料电池余热利用系统的控制方法，包括获取环境温度T1；根据环境温度T1和散热器性能查表获得散热量Q；根据预设的目标入堆温度T2和散热量Q获得进入散热器的理论冷却液温度T3；判断进入散热器的理论冷却液温度T3是否大于预设的目标温度T4，若“是”，启动燃料电池余热利用系统的暖风组件。此系统的优点在于:燃料电池余热利用系统根据控制散热器入口温度对燃料电池发动机的热量进行回收，即提高了能量利用率，提高了续航里程，又同时满足燃料电池系统的控温稳定性目标；环境适用性较高；规避了由传感器误差或控制失误造成的余热利用系统无法正常启动，提高了余热利用率。