本发明提供一种燃料电池余热利用系统及方法，包括储液罐、工质泵、燃料电池换热器、发电模块和冷凝器，上述部件通过管道串联形成循环回路，所述储液罐内储有有机工质，所述燃料电池换热器能够吸收燃料电池组件产生的余热，使所述有机工质汽化驱动所述发电模块发电，所述冷凝器能够将汽化的所述有机工质冷却液化。采用如上结构，在燃料电池组件处于工作状态时，开启工质泵，使储液罐内的有机工质在管道内循环流动，有机工质通过燃料电池换热器吸收燃料电池组件产生的余热，化为汽态进入发电模块后，驱动发电模块即可发电，达到了对燃料电池余热进行利用的目的，之后车外冷凝器即可将有机工质冷却为液态，使有机工质继续于回路内循环。