本申请涉及一种样本的采样混匀装置、混匀控制方法及精子质量分析仪，其中采样混匀装置包括进样机构和采样机构，进样机构包括承载台和进样驱动机构，承载台用于装载样本容器，进样驱动机构用于驱动承载台进行往复运动，对样本容器内的样本进行第一次混匀；采样机构包括采样驱动机构及采样组件，采样驱动机构用于驱动采样组件运动至采样位吸取样本容器内的样本，采样组件还用于对样本容器内的样本进行吸样和吐样操作，以对样本容器内的样本进行第二次混匀。由于对样本的第一次混匀借助了进样机构的往复运动，对样本的第二次混匀借助了采样机构的吸样和吐样操作，使得分析仪的自身动作兼容了样本的混匀功能，有利于提高精液样本的混匀效率。