一种提取长链二元酸的方法，包括以下步骤：（1）将终止发酵的长链二元酸发酵液中的长链二元酸转化为长链二元酸盐，过滤；（2）向步骤（1）得到的液体中加入可溶解长链二元酸的有机溶剂，充分搅拌并通入二氧化碳，得到富含长链二元酸的有机相与长链二元酸含量较低的水相；（3）排出水相，保留有机相；（4）对步骤（3）得到的有机相进行结晶，通过固液分离得到长链二元酸的湿结晶，干燥，得到长链二元酸。本发明的方法中，将长链二元酸盐到二元酸的转化与有机相相转移过程结合，省略了常规方法中粗酸结晶步骤，缩短了流程，并减少了设备数量。不使用传统无机酸，废水中没有酸残留，大大降低废水处理的成本。