本发明提供了一种从发酵液中提取长链二元酸的方法，发酵液在常温下采用卧式螺旋离心机分离出长链二元酸固相，所得液相进行预处理后经过膜过滤、脱色、中和、压滤，提取出液相中含有的少量长链二元酸，最后将离心机分离的二元酸和离心液相提取的二元酸进行收集干燥，获得合格产品。本方法的有益效果在于，不需要对全部的发酵液进行升温和pH调节，从而使液碱使用量减少80％，浓硫酸使用量减少75％，降低了蒸汽的消耗，减少了废水中硫酸盐的含量，生产成本降低。并且，本发明的组合提取方法不仅分离出了固相的长链二元酸，同时还把以菌体为主的液相中的长链二元酸有效分离，实现了高产率的长链二元酸提取。