本发明公开一种泥浆泵启停控制系统及控制方法，包括水平定向钻机控制器，所述水平定向钻机控制器用于检测水平定向钻机工作状态，并将信号传递给泥浆泵站控制器；泥浆泵站控制器，所述泥浆泵站控制器用于根据水平定向钻机控制器传递的信号，计算出水平定向钻机状态，控制泥浆泵工作模式。本发明解决了水平定向钻机拆卸钻杆时泥浆泵不停机浪费泥浆和发动机转速不降低浪费柴油的问题，通过泥浆泵与水平定向钻互联，提高了操作便捷性，也避免了经常操作泥浆泵按钮导致按钮损坏的风险。