本发明公开了一种数据包分类存储方法及系统，所述方法包括：获取数据包报文头部的控制信息，根据所述控制信息匹配查找对应的规则地址；数据缓冲区存储数据包报文，将数据包的帧头信息在数据缓冲区的地址偏移和对应的规则地址记录在数据缓冲区存储表中；当数据缓冲区满时，外部存储区取出数据缓冲区的数据，文件管理系统反馈外部存储区所在物理块地址，通过数据缓冲区存储表的记录信息将数据的外部存储区地址块号和块内偏移值记录到索引表中。所述系统包括分类模块、缓冲模块和外部存储区。本发明能够加快数据分类算法的执行速度，提高硬件的可重用性。