本发明公开了一种基于生态闸门特征的水量分配方法及系统，方法包括：计算各生态闸门引水受益区的需水量以及各生态闸门配水的单位生态效益；在待决策河段参考断面制定总水量约束；以NDVI、生态敏感性指数和缺水程度作为生态闸门的分类指标，使用系统聚类的方法分别对缺水程度大于0和缺水程度小于0的生态闸门进行分类；根据生态闸门类型以及来水情况设置各生态闸门的水量许可系数；以线性规划方法求解不同来水情况下生态效益最大时各生态闸门的实际引水量。如此，本发明能够根据众多闸门对水分需求程度、效益回报等对有限水资源进行统筹分配，以获得最大化的生态效益，能够为相关管理机构提供决策支持，对于提高缺水地区水资源利用率具有重要意义。