本发明的公开一种能抑制谐波的同步电机控制方法和装置，方法包括：获取电机的转子角速度和电位角数据；查找第一映射关系表中转子角速度与高次谐波相位角超前量的映射关系，得到高次谐波相位角超前量；根据电位角和高次谐波相位角超前量，计算得到高次谐波相位角；查找第二映射关系表中转子角速度与谐波补偿幅值的映射关系，得到谐波补偿幅值；根据高次谐波相位角和谐波补偿幅值，计算交轴电压补偿值；将交轴电压补偿值与电流环PI调节器输出的交轴电压值叠加，得到补偿后的交轴电压值；基于补偿后的交轴电压值进行控制脉冲调制，得到同步电机驱动脉冲信号。本发明能够对因死区时间、气隙磁场畸变等产生的高次谐波进行综合补偿，运算难度小，控制效率高。