本发明涉及一种印章备案追溯系统，包括印章收纳单元、备案单元、追溯单元、生物验证单元、计时单元和中控单元。本发明在系统中设置中控单元，并在中控单元中设置预设印章等级矩阵R0和预设最大使用时长矩阵T0，在使用者取出对应等级的印章时，中控系统能够根据取出的印章的等级Ri设定对应的最大使用时长Ti，当使用者取出该印章的累计时长达到Ti时，中控系统发出警报；通过对不同重要程度的印章分别设置对应的使用时长，能够有效保证使用者在取出印章后的有效时限内无法对印章进行常规事务以外的操作，有效提高了所述系统对印章的管控效率。