本发明提供了一种高通量制备模式生物基因编辑突变体的方法及相关质粒。其中，该方法包括：以能够表达Cas蛋白和逆转录酶的模式生物的细胞作为试验起始细胞；向试验起始细胞导入靶向目标基因的敲入片段，敲入片段包括带有筛选标记基因的同源重组修复模板序列和向导RNA的DNA序列，得到可基因编辑的细胞；使可基因编辑的细胞启动基因编辑并对筛选标记基因对应表型进行筛选得到目标基因被筛选标记基因替换的基因编辑突变体。该方法既充分利用了基因编辑高效率和高通量产生突变体的优势，又利用筛选标记基因将目标突变体快速、高效地筛选分离出来，克服了现有方法流程繁琐和耗时的问题，为大规模或高通量制备基因敲除突变体奠定了基础。